Behçet hastalığı hastaların yaklaşık yarısında eklemleri etkiler. Behçet hastalığında en sık görülen eklem sorunu hafif iltihaba bağlı eklem ağrısıdır. Bu ağrı gündelik hayatı fazla etkilemez. Bu tür ağrılar için genelde kısa etkili, kortizon-dışı iltihap giderici ilaçlar, düşük-doz kortizon ve kolsişin ile tedavi yeterlidir.
Ancak bir grup hastada özellikle diz, kalça, ayak-bileği gibi bacak eklemlerini etkileyen şişme, kızarma ve hareket kısıtlılığı tarzında daha ağır eklem sorunları görülebilir. Bu eklem sorunları da genelde uzun süreli, kalıcı eklem hasarı yapmazlar. Yine de romatoid artrit ya da spondilit gibi diğer iltihaplı romatizmal hastalıklarda kullanılan salazoprin ya da metotreksat gibi ilaçlar ile tedavi gerekebilir. Çok nadiren elimizdeki en kuvvetli tedaviler olan interferon ve TNF-bloke edici ilaçlar da kullanılmaktadır.
Bir grup Behçet hastasında da spondilit grubu iltihabı omurga hastalıklarında olduğu gibi özellikle sabah saatlerinde artan ağrı ve tutukluk yapan iltihabi omurga ağrıları görülebilir. Bu tür sorunların tedavisi de diğer spondilitler gibi yapılır.
