Tüm iltihaplı romatizmal hastalıklarda kortizonun kullanılması çok hassas bir denge gerektirmektedir. Doğru şekilde, dozda ve sürede kullanıldığında çok önemli tedavi edici özelliği olan kortizon, gereksiz yere yüksek doz ve sürede kullanıldığında başta hipertansiyon, diabet, katarakt, obesite, cilt değişiklikleri ve kemik erimesi gibi önemli yan etkilere neden olabilmektedir.
Bu nedenle diğer iltihaplı romatizmal hastalıklar gibi Behçet hastalığında da kortizon gerekli durumlarda kullanılmalıdır. Örneğin gözde ön kamarada iltihabı (ön üveit) olan hastalara lokal steroid damlaları verilebilir. Behçet hastalığına bağlı gözün arka kamarasında iltihap (arka üveit), nörolojik (beyin) tutulumu, damar iltihaplanması, akciğer damarlarında balonlaşma, barsakta yaygın iltihaplanma gibi yaşamı tehdit edebilecek veya kalıcı hasara neden olabilecek durumlarda kortizon çok değerli bir tedavi seçeneği olarak kullanılmaktadır. Bazen ağrılı genital lezyonlarda, bacaklarda oluşan yaralarda (eritema nodozum), eklem iltihaplanmasında daha düşük ve kısa süreli kortizon tedavisi de kullanılmaktadır.
