Buğday, arpa, çavdar ve yulafta bulunan glutenin neden olduğu bir ince bağırsak hastalığıdır (enteropati). Bağırsağın belli bölgeleri veya tamamı tutulabilir. Çölyak hastalığı gluten ve buğday alerjilerinden farklıdır. Bu alerjilerde ince bağırsaklar sağlamdır, enteropati yoktur. Alerji 3-5 yıl gibi kısa sürede düzelir. Çölyak hastalığı ise ömür boyu diyet yapılmasını gerektirir. İnce bağırsaklar gıdaların sindirim ve emilimi ile görevlidir. Hastalanması ile bu fonksiyonlar bozulur ve kişi yediklerinden faydalanamaz. Yeterince beslenmesine karşın zayıflar, gıda ve vitamin eksiklikleri ortaya çıkar. Kemikleri erir, çocuklarda büyüme durur. Çölyak hastalığında özellikle ince bağırsağın mideye yakın, başlangıç kısmı hastalanır. Bu bölge demir, kalsiyum, çinko, magnezyum, protein, vitamin gibi hayati öneme sahip maddelerin emiliminden sorumludur. Bu nedenle ince bağırsakların tamamı hastalanmasa bile ciddi hastalık bulguları ortaya çıkabilir. Çölyak hastalığının önemli bir özelliği, bulguların bağırsaklarla sınırlı kalmamasıdır. Beyinden, kalbe, kemiklere kadar tüm organlar etkilenebilir. Çölyak hastalığında normalden daha sıklıkla osteoartrit (eklem kireçlenmesi) bildirilmiştir. Fakat eklem kireçlenmesi ile çölyak hastalığı arasında nedensel bir ilişki olup olmadığı netleşmemiştir. Çölyak hastalığı bazı hastalarda eklem iltihabına neden olabilir. Bu durum enreteropatik veya çölyak hastalığı ilişkili eklem ilhitabı olarak da adlandırılabilir. Sıklıkla bel omurları, kalça ve diz eklemleri tutulur. Eklem tutulumu bazen çevresel eklemlerde bazen aksiyal eklemlerde bazen de hem çevresel hem aksiyal eklemlerde olabilir. Eklem tutulumu genelde hasar bırakmayan tiptedir ve bazen 4 veya daha az sayıda eklem tutulumu olabileceği gibi bazen de 4 Ten fazla sayıda eklemi tutabilir. Eklem şikayetleri genellikle bağırsak şikayetlerinden önce görülür. Eklem şikayetleri, bağırsak şikayetlerinde olduğu gibi glütensiz diyete yanıt verir.
