Sklerodermalı hastalarda sindirim sisteminin her organı değişen oranlarda etkilenebilmektedir. Hastaların %40 ila %70’inde ince bağırsak tutulumu görülür. İnce bağırsak tutulumu bağırsak hareketlerinin azalmasına, bağırsak genişlemesi ve bağırsağın tonusunun azalmasına bağlı gelişen bakteriyel aşırı çoğalmaya ve kanamalara sebep olabilir. İnce bağırsak tutulumu bulantı, kusma, geğirme, reflü, erken doyma, karın ağrısı, şişkinlik, bağırsak alışkanlığında değişiklik ve kilo kaybı şeklinde kendini gösterir. Bu bulgulara bakteriyel aşırı çoğalmaya bağlı emilim bozuklukları da eşlik edebilir. Kalın bağırsak tutulumu ise hastaların %20 ila %50’sinde görülür. Kalın barsak tutulumu olan hastalarda kabızlık yakınması ön plandadır. Sklerodermada sindirim sistemi gibi organ etkilenmelerinin tedavisinde hastalığı kontrol eden ilaçları, hastalığın erken aşamasından itibaren düzenli bir şekilde kullanmak önemlidir. Bağırsak yakınmalarına yönelik; antibiyotikler, özel diyetler ve bağırsakların hareketlerini düzenleyen ilaçlardan yararlanılır. İnce bağırsaklardan mideye reflü gelişenlerde reflü semptomlarını baskılayan lansoprazol, omeprazol, pantoprazol ve famotidin gibi ilaçlar veya bunların kombinasyonlarından faydalanılır. Bakteriyel aşırı çoğalma gelişenlerde antibiyotikler ile birlikte yağ ve fiber içeriği azaltılmış beslenme uygulanır. Bu hastaların bir kısmında oral alımın belli bir süre durdurulmasına gereksinin olabilir. İnce bağırsak tutulumlarının erken aşamasında bağırsak hareketlerini arttıracak ve bakteriyel aşırı çoğalmanın önüne geçebilecek octreotid gibi ilaçlar da tedavi seçenekleri arasında yer alır.
