Bağ doku hastalıkları, Romatoid artrit, Sistemik lupus eritematozus (SLE), Antifosfolipid sendromu, Sjögren sendromu, Sistemik skleroz, İnflamatuar kas hastalıkları, Mikst bağ doku hastalığı, çakışma sendromları ve Relapsing polikondrit gibi otoimmün hastalıkları kapsar. Otoimmünite, kişinin vücudundaki herhangi bir antijene yani kendi antijenine karşı yöneltilmiş immün yanıttır. Dolayısıyla yanlış çalışan immün sistemi düzenlemek tedavi hedefidir. Hastalığın belirti ve bulgularını düzelmek, hasar bırakmasını önlemek ve hastanın yaşam kalitesini artırmak hedeflenir. Tedavi planlanırken hastalığı belirti ve bulguları, organ tutulumlarının derecesi, hastanın yaşı, birlikte olan hastalıkları göz önüne alınır. Hafif tutulumlarda semptom giderici ve koruyucu tedaviler planlanır. Örneğin hafif kas-iskelet sistemi yakınmaları için kortizon olmayan yangı gidericiler (NSAID), güneş allerjisi için güneş koruyucular gibi. Halsizlik, bitkinlik, ateş, iştahsızlık, yorgunluk gibi özgül olmayan bünyesel yakınmalar için düşük dozda kortizonlu ilaçlar ve hidroksiklorokin gibi daha ziyade immün sistemi düzenleyen ilaçlardan faydalanılır. Daha ağır kas-iskelet sistemi tutulumu veya ağır olmayan iç organ/sinir sistemi gibi organ tutulumlarında metotreksat, leflunomid gibi antimetabolit ilaçlar tercih edilebilir. Orta-ağır organ tutulumlarında immün sistemi baskılamaya yönelik orta-yüksek doz kortizon, azatioprin, mikofenolat gibi ilaçlar verilebilir. Ağır tutulum düşünülüyorsa, örneğin kalp kası, akciğer iltihabı, böbrek tutulumu, sinir sistemi tutulumu, ağır damar iltihabı gibi, o zaman daha güçlü immün baskılayıcı ilaçlara yönelinir. Yüksek doz kortizon, siklofosfamid, mikofenolat gibi. Yine bu ilaçlarla yan etki, yanıtsızlık, hasta tercihi veya infertilite riski gibi durumlarda rituksimab iyi bir seçenek olacaktır. Organ tutulumları gerektirdiği hallerde de, damardan immün globülin uygulaması, plazmaferez gibi ek prosedürler uygulanabilir. Tedavi başarısı sağlandıktan sonra belli bir süre daha tedavi sürdürülmelidir. Ülkemizde rutin kullanımda olmayan (belimumab gibi) veya henüz ruhsatlandırma aşamasında olan bazı biyolojik ilaçlar da mevcuttur.
