Bağ doku hastalıkları, Romatoid artrit, Sistemik lupus eritematozus (SLE), Antifosfolipid sendromu, Sjögren sendromu, Sistemik skleroz, İnflamatuar kas hastalıkları, Mikst bağ doku hastalığı, Çakışma sendromları ve Relapsing polikondrit gibi hastalıkları kapsar. Bu hastalıklar, genel olarak genç-orta yaşta ve ağırlıklı olarak kadınlarda görülen otoimmün hastalıklardır. Otoimmünite, kişinin vücudundaki herhangi bir antijene yani kendi antijenine karşı yöneltilmiş immün yanıttır. Bu hastalıklar, genetik olarak hastalığa zemin hazırlayıcı özellik taşıyan kişilerde, genellikle bazı enfeksiyöz etkenlerin tetiklemesi ile ortaya çıkar. Bazı HLA (insan lökosit antijenleri) tipleri ve HLA dışı bazı genler bu hastalıklara yatkınlık sağlayabilmektedir örneğin Romatoid artrit ve HLADR4 ilişkisi gibi. Bu enfeksiyöz etkenler genellikle Parvovirus, Ebstein Barr virüs gibi viral ajanlar olmakla birlikte diğer mikroorganizmalar da bunları tetikleyebilir. Kişinin hormonal durumu da yine bu hastalıkları başlatabilecek önemli faktörlerdendir. Örneğin SLE ortaya çıkmasında östrojen hormonu tetikleyici olabilmektedir. Kişinin sosyoekonomik düzeyi de hastalık seyrini etkileyebilmektedir. SLE nin şehirlerde, kırsal alanlardan fazla görülmesi buna örnektir. Ultraviyole ışınları, immün yanıta etkileri nedeniyle özellikle SLE de başlatıcı faktör olabilmektedir. Sistemik sklerozda en bariz olmak üzere, bazı toksik maddeler de nedenler arasında sayılabilir. Bazı ırklarda bazı hastalıklar daha sık görülebilmekte ve/veya daha ağır seyredebilmektedir, siyah ırkta SLE nin daha sık ve ağır seyri gibi. Yine hidralazin, prokainamid gibi bazı ilaçlar bu hastalıklara neden olabilmektedir. Bu nedenle bu hastalıkları değerlendirirken hastanın yaşı, cinsiyeti, hormonal durumu, genetik özellikleri, aile öyküsü, maruz kaldığı toksik maddeler ve kullanılan ilaçlar dikkate alınmalıdır. Psikolojik stres de pek çok olguda tetiği çeken faktör olabilmektedir.
