Bağırsak tutulumu ülkemizde hastaların %2-3’ünde görülür. Karın ağrısı, bulantı, kanlı olabilen ishal bağırsak tutulumunun belirtileridir. Genellikle kalın bağırsakların sağ köşesini tutar. Kalın bağırsak incelemesinde bazen çok sayıda olabilen irili ufaklı yaralar ve bağırsakta ödem görülebilir. Tedavisi hastalığın ağırlığına göre ayarlanır ve çoğunlukla bağışıklık sistemine yönelik ilaçlar kullanılır. Tedaviye rağmen kontrol altına alınamayan durumlarda cerrahi müdahale gerekebilir.