Behçet hastalığı karaciğeri doğrudan etkileyip karaciğer yetmezliğine yol açmaz ancak damarlarda tıkanıklık yapmaya yatkın bir hastalık olduğundan özellikle karaciğer toplardamarlarında tıkanıklıklara yol açarak Budd-chiari dediğimiz ve halsizlik, karında sıvı toplanması, dalakta büyüme gibi kronik karaciğer hastalığı tablosuna neden olabilir.
Behçet hastalığında karaciğerin etkilenebildiği bir diğer durum ise tedavide kullanılan ilaçların yan etkileridir. Özellikle bağışıklık sistemini baskılayıcı ajanlar, başta azathiopurin, karaciğer enzimlerinde yükselmelere neden olabilir. Bu da ilacın kesilmesi veya dozunun düşürülmesini gerektirir ki bu da tedavinin aksaması anlamına gelmektedir.