Behçet hastalığının nedeni tam olarak bilinmemektedir. Çok sayıda nedenin bir araya gelmesiyle oluşan, karmaşık nedenli hastalıklardan kabul edilmektedir. Bu nedenler arasında genetik yatkınlık önemli yer tutar. Sağlıklı insanlarda da bulunan bazı genetik değişiklikleri, örneğin HLA-B51 gibi bir doku grubu antijenini taşıyor olmak Behçet hastalığının gelişme olasılığını artırır.
Bununla beraber Behçet hastalığı genetik bir hastalık değildir. Bu değişiklikleri taşıyan herkes hasta olmaz. Hastalıkla ilişkili belirtilerin oluşabilmesi için, genetik yatkınlığı olan kişilerin çeşitli çevresel faktörlerle karşılaşması ve sonuçta belirli dokuları etkileyen bir iltihabın uyarılması gerekir. Hastalık belirtilerini tetikleyebilen çevresel faktörler ile ilgili bilgilerimiz maalesef çok fazla değildir. Özellikle belirli mikroplarla etkileşimin iltihabı tetiklediği bilinmektedir. Bunun yanı sıra travma, örneğin yanağımızı ısırmamız, bir darbe almamız, ya da yorgunluk, uykusuzluk, gerginlik gibi nedenler de hastalık belirtilerini tetikleyici olabilmektedir.
