Her ilacın yan etkisi olmakla birlikte kolşisin diğer kullandığımız birçok ilaca göre daha emniyetli kabul ettiğimiz ilaçlardandır. Kolşisinin yan etkileri sıklıkla doza bağımlıdır. En sık yan etkisini mide-barsak sisteminde gösterir. Karın ağrısı, ishal, bulantı-kusma yapabilir. Bu yan etkiler genellikle doz azaltıldıkça düzelir. Nadiren kemik iliğini hedef alabilir ve kan hücreleri sayımında düşüklük yapabilir. Bu yan etki rutin kan sayımları sırasında fark edilebilir. Yine nadiren sinir ve kas hücrelerine zararlı etkileri izlenebilir ve güçsüzlük yapabilir. Bu istenmeyen etki genellikle ilaca başladıktan sonra erken dönemde izlenir ve böbrek yetmezliğinde ya da toksik dozlarda alındığında görülme riski artar. Erkeklerde sperm sayısında azalma ve hareketlerinde azalmaya yol açabilir, ancak bunun kısırlık yapması nadirdir ve olması halinde ilacı kesilince düzelir. Bu yan etkilerden herhangi birisi mevcutsa doktorunuzu uyarmanız halinde ilacın dozu ayarlanacaktır.