Siklofosfamit kullanılırken bulantı, kusma ve iştah azalması izlenebilir. Sık sık az miktarlarda yemek yemenin faydası olabilir. Ayrıca doktorunuzu bu konuda bilgilendirdiğiniz takdirde bulantıya karşılık önereceği ilaçlar da denenebilir. Geçici, geri dönüşümlü saç dökülmesi olabilir. Bağışıklık sisteminde geçici bozulmalara yol açabileceğinden infeksiyon düşündüren ateş, boğaz ağrısı, ishal, öksürük gibi yakınmaların ortaya çıkması halinde doktorunuzu haberdar etmeniz önemlidir. Yara yerinde iyileşmede gecikmeler olabilir. Siklofosfamid ile hem erkeklerde hem de kadınlarda kalıcı kısırlık izlenebilir. Bu hem doza hem de hastanın yaşına bağımlı bir etkidir. Genç hastalara kısa süreli verildiğinde daha nadir izlenirken daha ileri yaşta ve daha uzun süre kullanıldığında risk artar. Ayrıca siklofosfamid kullanırken kesinlikle hamile kalınmaması ve bebeğin emzirilmemesi gerekir. Sikfosfamid tedavisi ile nadiren mesanede kanama olabilir. İdrarda kanama, renginde koyulaşma olması halinde doktorunuz bilgilendirmeniz önemlidir. Sikfosfamidin kendisi aslında kanser tedavisinde de kullanılan bir ilaç olmakla birlikte nadiren kendisi de kanser riskinde artışa yol açabilir. Bunlar dışında her ilaç gibi ilaca karşı alerjik reaksiyon gösteren bireyler olabilir. Damardan alınıyorsa iğne yerinde kızarıklık kaşıntı, nefes darlığı gibi bulgulara karşı dikkatli olunması gerekir. Bu yan etkilerin birçoğu hastaların çoğunda izlenmez. Hasta olarak alabileceğiniz önlemler ilacın uygulandığı dönemde bol sıvı tüketmek, infeksiyonlara karşı açık olduğunuzu hatırlayarak kalabalık ve riskli ortamlara girmekten kaçınmak, doktorunuzun dediği tahlilleri aksatmamak ve şüpheli bir yakınmanız olduğu takdirde gecikmeden doktorunuzu haberdar etmek olacaktır.
