Sklerodermalı hastaların %50-90’nın da sindirim sistemi tutulumu görülür. %90 oranında yemek borusu tutulumuna bağlı olarak gastroözofagial reflü hastalığı ve kronik vakalarda peptik darlık, yutma güçlüğü sık olarak görülür. Yemek borusu basınç ölçümü yapılarak fonksiyon kaybının varlığı ve şiddeti anlaşılabilir. Hastaların %10 unda mide hareket bozukluğu ve buna bağlı olarak erken doyma, yemek sonrası dolgunluk hissi, bulantı, kusma gibi semptomlar görülebilir. Hastaların yarısına yakınında ince barsak tutulumu görülür ve bu durum barsak hareketlerinin azalmasına, bakteriyel aşırı çoğalmaya ve kanamalara sebep olabilir. Bakteriyel aşırı çoğalmaya bağlı (emilim bozuklukları) sık olarak görülür. Vakaların %10-50 sinde kalın barsak tutulumu olabilir. Kalın barsak tutulumu olan hastalarda kabızlık belirgindir. Mide yanması (reflü) olan hastalar; özellikle antiasit ilaçlar, proton pompası inhibitörleri ile tedavi edilebilir. Bağırsak yakınmalarına yönelik; antibiyotikler, özel diyetler ve bağırsakların kasılma durumunu düzenleyen ilaçlar kullanılabilir. Yatak baş ucunun yükseltmeli (45 derece), reflüyü artıran gıdalardan uzak durmak (çikolata, portakal suyu, kahve, yağlı yiyecekler gibi), yatmadan önce midenin boş olması gibi yaklaşımlar yardımcı olacaktır.
