Sistemik sklerozlu hastalarda sindirim sistemi tutulumu sık görülür ve çoğu hastada bununla ilişkili şikayetler vardır. Sindirim sisteminin herhangi bir bölgesi etkilenebilir. Erken dönemdeki patolojik değişiklikler arasında küçük damar hasarı, düz kaslardaki atrofi ve fibrozis yer almaktadır. Bu değişiklikler zaman içinde motilite bozukluğu ile sonuçlanmaktadır yani sindirim sistemi hareketleri yavaşlamaktadır. Özofagus denilen yemek borusunun alt 2/3 lük kısmında yer alan düz kasların tutulumu sonucu yemek borusu hareketleri yavaşlamakta ve zamanla yemek borusu çapında genişleme olmaktadır. Bunun neticesinde hastalarda yutma güçlüğü gelişmektedir. Ayrıca mide ile yemek borusu arasındaki sfinkterdeki gevşeme sonucu mide içeriği yukarı kaçmakta ve reflüye neden olmaktadır. Baryumlu özofagus pasaj grafisi, gastroskopi ve motilite tetkikleri ile yemek borusu tutulumunu göstermek mümkün olmaktadır.
