Ülseratif kolit ve Crohn gibi iltihaplı bağırsak hastalıklarında eklemlerde ağrı yakınması olabilir. Eklem ağrısı için iki durum söz konusudur. Birinci durumda eklemlerde iltihap yoktur ikinci durumda iltihap vardır. İltihap olmadan olan eklem ağrısı, grip hastalığındaki gibidir. Nasıl gripte eklemlerde iltihap olmadığı halde eklem ağrısı hissediyorsak bu da öyle bir durumdur. İltihapsız eklem ağrısı bağırsak hastalığının tedavisi ile geçmektedir. İkinci durum yani eklemlerde iltihap olduğu durumda eklemlerde şişlik, aynı zamanda bu eklemlerin hareketlerinde ağrı ya da kısıtlanma da olabilmektedir. Bu durumda tedavi için hastaların romatoloji uzmanına başvurması önerilir. Ek olarak, yine ülseratif kolit ve Crohn gibi iltihaplı bağırsak hastalıkları bel ve omurga ağrısına da yol açabilmektedir. Bu durumda yine iltihaplı bir durum olup, romatoloji uzmanı tarafından değerlendirilmesinde fayda vardır.